Meie eesmärgiks on varustada kristlasi tasakaalustatud teoloogilise haridusega, aitamaks neil efektiivselt rakendada oma andeid ja teadmisi koguduse töös, ning leida adekvaatseid lahendusi tänapäeva kiriku vajadustele.

Selle missiooni täitmiseks on kolm eesmärki:

1. Õpetus. Anda kõrgharidust, mis koosneb esiteks, Piibli ja teoloogia mõistmisest  wesleyaanlikust – arminiaanlikust vaatenurgast, aga ka mittetraditsiooniliste lähtekohtade mõistmist; teiseks, üliõpilastele selliste teadmiste ja oskuste andmisest, mis võimaldaksid neil rakendada evangeeliumi sõnumit tänapäeva maailmas.

2. Hoolekanne. Arendada üliõpilaste, töötajate ja õppejõudude   vaimulikku ja emotsionaalset küpsust, et nad oleksid võimelised nõustama vaimulikult, selgitama ja kaitsma oma usku, aga ka asutama ja juhtima efektiivseid programme koguduste kasvuks ja arenguks ning ka töös väljaspool kogudusi.

3. Juhtimine. Juhtida ja kindlustada vahendeid teoloogiliseks ja eklesioloogiliseks tööks Eestis ja Balti regioonis.

EMK Teoloogilise Seminari missiooniks on õpetada, kanda hoolt ja juhtida usklikke Jeesuse Kristuse evangeeliumi levitamisel, Jumala austuseks.